هناك مجموعة كبيرة من الفوائد للبكتيريا النافعة الموجودة في الأمعاء، ومن أهمها ما يأتي: إنتاج العديد من الفيتامينات المهمة للجسم ومنها؛ حمض الفوليك، والنياسين، وفيتامين ب6، وفيتامين ب12،[٦]وفيتامين ك.[٤] تساعد على هضم الجزيئات المعقدة الموجودة في بعض أنواع الطعام، والحصول على المواد الغذائية التي يحتاجها الجسم منه؛ فعلى سبيل المثال مركب السيليلوز الذي يصعُب هضمه دون وجود البكتيريا النافعة، وتجدر الإشارة إلى أنّ عمليات الأيض التي تقوم بها البكتيريا النافعة تؤثر في شعور الإنسان بالجوع أو الشبع.[١][٤] تحفز الكائنات الحيّة الدقيقة الموجودة داخل الجسم، وذلك لتكوين المناعة المُكتسبة (بالإنجليزيّة: Adaptive immunity)، وهي آلية دفاع الجسم عند دخول الكائنات المسببة للأمراض، ومن الجدير بالذكر أنّ التعرّض غير الكافي للجراثيم والميكروبات في المراحل العمرية المبكرة، يزيد من احتمالية الإصابة بمشاكل المناعة الذاتية والتحسّس.[١] تؤثر البكتيريا النافعة في عمليات الأيض، وتساهم في تحديد كمية السعرات الحرارية التي يحصل عليها الجسم من الغذاء، وأنواع المواد الغذائيّة التي يمتصها الجسم.[٥] تسهم في الدفاع عن الجسم في حال دخول البكتيريا المسببة للأمراض، وذلك عن طريق إنتاج الأحماض التي تثبط نموّ البكتيريا الضارة، وتحفز الجهاز المناعي لمحاربتهم.[٦] تنتج إنزيم اللاكتيز (بالإنجليزيّة: Lactase)، الضروريّ لهضم السكر الموجود في الحليب ومشتقات الألبان الأخرى، وقد تساعد البكتيريا العقدية الحرية (بالإنجليزيّة: Streptococcus thermophilus) على منع الإصابة بعدم تحمل اللاكتوز (بالإنجليزية: Lactose intolerance.[٦] تقلل من احتمالية حدوث الحساسية تجاه الطعام؛ حيث وجدت دراسة حديثة أنّ قلة التنوع في بكتيريا الأمعاء خلال المراحل المبكرة من الحياة، قد يؤدي إلى الإصابة بالتحسّس لبعض أنواع من الأطعمة.[٤] تحد من الزيادة المفرطة في الوزن؛ حيث لاحظت دراسة بريطانية أنّ وجود نوع معين من البكتيريا النافعة يرافق انخفاض وزن الجسم.[٤] تنتج مجموعة من المواد الكيميائية العصبية، التي يحتاجها الدماغ في تنظيم العمليات العقلية والفسيولوجية المختلفة، وأهمها؛ الذاكرة، والتعلم، والمزاج، وذلك بناءً على جمعية علم النفس الأمريكية (بالإنجليزيّة: American Psychological Association)، بالإضافة إلى أنّ معظم الكميّات المنتجة من هرمون السيروتونين (بالإنجليزيّة: Serotonin) مصدرها بكتيريا الأمعاء.[٤]